ABBYY FineReader Server 14 では、Hot Folder: ホットフォルダ を通して パスワード で保護された PDF ファイル を インポート することができません。全ての パスワード で保護された PDF ファイル は Exceptions: 例外 フォルダに移動されます。

しかし、スキャンステーション を用いて、パスワード で保護された PDF ファイル を インポート する時は、パスワード を入力できる ダイアログボックス が表示されます:
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また、スキャニングステーション の Import from Folder/フォルダからインポート の オプション を設定して、パスワード で 保護された PDF ファイル の入った フォルダ に割り当てることによって、処理することもできます:

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この方法では、全ての パスワード で 保護された PDF ファイル を スキャニングステーション を使って、[Scan Pages]/[スキャンページ] ボタンを押して、インポート することができます。