Для замена символа переноса строки на пробел, проделайте, пожалуйста, следующие действия: 

1. Запустите FineReader Банк в режиме Администратора: «Пуск»→ «Все программы»→ «ABBYY FineReader Банк»→ «Инструменты администратора»→ «Режим администратора ABBYY FineReader Банк».
2.  Меню Проект→ Типы документов.
3.  Выберите нужный тип документа и нажмите кнопку «Правка».
4. В открывшемся окне Редактора типа документов выбрите нужных блок данных (блоки, информация в которых обычно записана в несколько строк), правым щелчком мыши выбрите «Свойства..».
5. Перейдите на вкладку «Типы данных», напротив поля «Автозамена» нажмите кнопку «Правка».
6. Отметьте поле «Использовать скрипт» и нажмите кнопку «Правка».
7. В появившемся окне выберите «Скрипт автоматической коррекции», «C#.Net» и вставьте в окно следующее: 
   string val = Value.Text; 
   val = val.Replace("\r\n", " "); 
   val = val.Replace("\n", " "); 
   Value.Text = val; 
8. Сохраните сделанные изменения. 

Измените «Типы данных» аналогичным образом во всех необходимых блоках документа.